El Programa EPE ha desarrollado un número relevante de proyectos con el Ministerio de Educación de Chile, Fundación Ford, JUNAEB, entre otras entidades. Estos proyectos han contribuido a generar nuevos conocimientos teóricos y prácticos tanto para las políticas públicas como para las ciencias de la educación. Estas iniciativas se han vinculado especialmente con profesores, estudiantes, asistentes de la educación, padres y apoderados, como con actores de la administración educativa local (Departamentos y Corporaciones de Educación Municipal, y Dirección Provincial de Educación del Mineduc).

Actualmente se encuentran en ejecución dos proyectos: